FlyDataに設定できるファイル数（データエントリ数）に制限はありません。
ただしRedshiftの仕様に関係しますが、データロードするテーブルごとにコネクションが発生するため、コネクション数に注意いただく必要がございます。
例えば、データエントリが100以上あると100以上のコネクションが生成されます。Redshiftではコネクション数の上限が500であるため、 データエントリー数が上限を超えた場合、使用頻度やクエリ内容によっては、クラスタ分割などが必要になる可能性があります。
データエントリー数がRedshiftのコネクション上限数を超える場合は、運用状況を踏まえた対応方法をご提案させていただきますため、事前にご相談ください。
コネクション数については下記AWSドキュメントを参照ください。
Limits in Amazon Redshift
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